CentOS 5.2 にしてから、ntp.nict.jp と時刻同期が取れない(reachがゼロ)の状態となっていました。色々調べてみたら、どうやら IPv6が関係しているのが原因だったみたいです。
/etc/ntp.conf に、
server ntp1.jst.mfeed.ad.jp server ntp2.jst.mfeed.ad.jp server ntp3.jst.mfeed.ad.jp server ntp.nict.jp server ntp.nict.jp server ntp.nict.jp
と書いていたのですが、
server -4 ntp1.jst.mfeed.ad.jp server -4 ntp2.jst.mfeed.ad.jp server -4 ntp3.jst.mfeed.ad.jp server -4 ntp.nict.jp server -4 ntp.nict.jp server -4 ntp.nict.jp
のように修正したら同期(reach)とれるようになりました。
※追記
nict.jpではmaxpoll 8(256秒間隔)以上にとのことなので、
server -4 ntp1.jst.mfeed.ad.jp server -4 ntp2.jst.mfeed.ad.jp server -4 ntp3.jst.mfeed.ad.jp server -4 ntp.nict.jp maxpoll 8 server -4 ntp.nict.jp maxpoll 8 server -4 ntp.nict.jp maxpoll 8
ですね。